0年，方苏雅以“自卫”为名，假借购买马匹之名，从越南运载40余驮军火进入昆明，意图与法属印度支那总督保罗·杜美里应外合，试图控制云南。此举被英国人告密，导致计划泄露。清廷南关厘金局扣押军火后，方苏雅率数十人武力夺回，引发民众强烈抗议，昆明爆发反法示威，多座天主教堂被捣毁。云贵总督丁振铎出面保护，方苏雅在清军护卫下撤离，但途中车队遭袭击，其携带的日记和玻璃底片等资料损毁。昆明教案后，法国以“赔偿”为由，索要12万两白银，并取得云南7府矿权。

方苏雅还是个摄影爱好者。他来昆明上任时，携带了7部相机和大量玻璃底片，系统拍摄昆明及周边风土人情，留下数千张珍贵照片，涵盖市井生活、建筑、宗教仪式、少数民族等。后世很多人研究晚清时期昆明的风土人情都绕不过去他留下的照片。